1973年、ベトナム戦争真っただ中、一人の兵士が突然、仲間の兵士に向かって銃を乱射した。
たまたまその場にいた友人が、彼を取り押さえたが、発砲した兵士は既に正気ではなかった。
それから12年・・・ニューヨークのストリートギャング達のボスであるアッシュリンクスは、ある事件のさなか「バナナ・フィッシュ」という言葉を耳にする。
その言葉は、ベトナム戦争から廃人同様になって帰ってきた、兄・グリフィンが唯一発する言葉だった。
アッシュは「バナナ・フィッシュ」について調べ始める。
その頃、ストリートギャング達の取材に、日本から伊部俊一が、助手の奥村英二を連れてきていた。
そこで、英二とアッシュは出会い、二人はバナナフィッシュの謎をつきつめていく。
そんな中、二人はかけがえのない「友達」となっていく。
だが、バナナフィッシュの謎をつきつめて行くことは、
やがてマフィア、CIA、国家が絡む壮大な闘いになっていき、そして・・・・